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日本文化の講究に必要な文化財を収集・保存し、学術的な研究成果を一般に公開するとともに、広く学内外の研究教育活動に資することを目的として設置された大学博物館です。その淵源は、昭和3（1928）年創立の考古学陳列室（後の考古学資料室・考古学資料館）と、昭和38（1963）年創立の神道学資料室（後の神道資料展示室・神道資料館）にあり、両組織を統合した学術資料館や、伝統文化リサーチセンター資料館の設置を経て、平成25（2013）年に國學院大學博物館が発足しました。
平常展では、校史・学術資産研究センターの所管資料を交えながら大学の歩みを辿り、考古学から見た日本列島の歴史を通観した上で、神道と日本文化に対する理解を深めていくことができます。また、論文形式に拠らない研究発表である特別展・企画展や、各種の教育普及事業、博物館連携事業などを通して、社会に開かれた大学の窓口としての役割も担っています。

「性別越境の歴史学－男／女でもあり、男／女でもなく－」